Bölüm kalite sistemi aşağıda belirtilen görevlerin uygulanışı ile bölüm hedeflerini kapsamaktadır

Bölümün görevleri şunlardır:

1. Tatlı ve tuzlu sularda üretimi yapılan balıklarda görülen bakteriyel hastalıkların teşhisini yapmak,

2. Enstitüye gelen hasta balık numunelerinin Viroloji, Parazitoloji, Patoloji ve Toksikoloji Laboratuvarlarına dağılımı ve sonuç raporlarının düzenlenmesi konusunda koordinasyonu yürütmek,

3. Baraj, göl ve denizlerde görülen toplu balık ölüm nedenlerinin araştırmasını yapmak,

4. Ülkemizde nesli tükenmekte olan deniz fokları ve Caretta caretta ölümleri ile ilgili çalışmalarda sivil toplum örgütleri ve fakültelerle işbirliği yapmak,

5. Ayvalık bölgesinde bulunan 9 adet çift kabuklu yumuşakça istasyonuna ait ürün ve deniz sularının Vibrio parahaemolyticus ve Vibrio cholerae yönünden her hafta rutin ve izleme çalışmalarını yürütmek,

6. Vibriolar yönünden diğer laboratuvarların gönderdiği numunelerin teyitlerini yapmak,

7. Balık hastalıkları ile ilgili konularda araştırmalar yürütmek, makale ve derlemeler yayınlamak,

8. Kamu sektörü ve özel sektörde çalışan veteriner hekimlere kısa ve uzun süreli eğitimler vermek,

9. Enstitüye epidemiyolojik olarak bağlı bulunan illerde ve bakanlığın uygun gördüğü diğer illerde veteriner hekimlere ve üreticiye eğitim çalışmaları düzenlemek,

10. Bakanlığın su ürünleri ve balık hastalıkları konusunda hazırladığı yönetmelik, talimat ve taslaklarda teknik görüş hazırlama